입덧의 정확한 원인은 잘 모릅니다. 다만 태반에서 분비되는 융모막 호르몬과 연관 있습니다고 추측되고 있습니다. 왜냐하면 입덧이 시작되고 악화되고 호전되는 기간이 태반에서 분비되는 융모막 호르몬의 증가 및 감소 시기와 거의 일치하기 때문입니다. 입덧은 임신 5~6주 경부터 시작돼서 임신 2~3개월 경에 가장 심해지고, 임신 4개월 이후 호전되는데 융모막 호르몬도 임신초기에 나타나서 임신 12~13주경에 가장 많아지고 이후로 감소하는 양상을 보입니다.

그 외에 어떤 학자들은 비타민 중 하나인 비타민 B6결핍이 입덧의 원인이라고 하기도 하고, 또 부신 피질의 기능 이상이나 갑상선기능 항진이 입덧의 원인이라고 하는 학자도 있습니다. 또 감정적 문제나 정신과적인 요인들과 연관되어 있다는 주장도 있습니다. 즉 산모가 메스꺼움과 구토로 고생을 하면 남편을 비롯한 가족들이 산모를 위하고 아끼는 마음을 더 많이 표현하게 되니까 이러한 사랑을 받기 위한 일종의 어리광인 셈이라는 것입니다.

입덧을 하는 산모는 유산의 빈도가 낮고, 구토가 같이 동반되면 메스꺼움만 있는 경우보다 유산의 빈도가 더 적은 것으로 알려져 있습니다.

1976년 Hook라는 학자는 이러한 입덧이 임신초기 태아의 중요 장기를 형성하는 기간 동안(임신 6주에서 12주) 태아에게 해가 되는 독성물질의 섭취를 억제하려는 방어기전이라고 하였습니다.