난소 종양이 생기는 원인은 다양해서 기능성 낭종은 월경 주기의 특정 시기에 발생하는 배란기 난포가 완전히 없어지지 않고 남아서 발생하는 것으로 대개 한 두 달 사이에 저절로 없어집니다.

양성 낭종은 임신 중의 호르몬 분비로 인하여 생기기도 하고 배란을 촉진하는 약물에 의하여, 또는 호르몬 성분을 나타내는 한약을 복용한 후에 생기기도 하는 데 대부분 뚜렷한 원인이 없는 경우가 많습니다.

전체 여성 암중 약 2 내지 3% 정도를 차지하고 있는 난소 악성 종양 (난소암)은 다른 암처럼 원인이 알려져 있지는 않은 데 많은 연구자들의 추정에 의하면 부모로 물려 받은 암발생 유전자가 특정한 발암 요인에 의해 촉발 되면서 발생하지 않나 추정하고 있습니다. 가족 가운데 2 명 이상이 난소암일 경우 다른 여성에서 난소암이 발생할 가능성은 50% 정도로 매우 높다고 합니다.다른 위험인자로는 아기를 한번도 낳지 않은 여성, 고지방질의 음식 섭취, 유방암의 과거력 등이 거론 되고 있어서 이런 여성들은 난소암에 대하여는 특별히 세심한 관찰이 요망됩니다.