통계에 의하면 자폐증은 신생아 일만명 당 4.5명 정도가 발생하며 정확한 진단을 내리지 못하는 자폐행동을 보이는 아동이 일만명당 15명 내지 20명으로 통계적으로 집계되어 있다.
자폐증의 발병률은 나라에 따라 현저한 차이를 보이고 있는데, 독일의 경우는일만명 당 2명, 일본의 경우는 일만명 당 16명에 달한다. 한국은 지리적으로 그리고 환경과 문화적으로 근접한 일본을 기준으로발병률을 계산한다. 이러한 통계적 차이는 아마도 서로 다른 진단 기준이나 각 나라의 유전적 또는 환경적인 요인에 기인되는 것으로알려져 있다.
자폐증은 남아가 여아에 비해 3배 정도 발생률이 높다. 이러한 성간 차이는자폐증에만 해당되는 것이 아니고, 자폐증 이외의 많은 발달 장애들이 남아에서 더 많이 발생된다.
한국에서는 부모들이 자폐 아동에대한 이해의 부족과 사회의 이해 부족으로 인해 심리적 부담으로 자녀가 장애아동이라는 것을 밝히지 않으려는 경향으로 인해 정확한통계 수치를 알아 볼 수 없다. 하지만 무엇보다도 자폐증을 진단할 수 있는 전문가가 거의 없기 때문에 이를 통계적으로 밝히기어렵고 통계치를 산정한다 하더라도 자폐증을 진단하는데 각각의 다른 진단기준에 따라 진단되거나 단순히 경험적 토대로 진단 되는경향으로 인해 진단의 신뢰도에 문제가 제기되고 있다.