방사선은 암세포도 죽이지만 재생이 빠른 정상조직에도 손상을 입히게 됩니다. 이로 인하여 방사선 치료의 부작용이 나타나게 됩니다. 구강암으로 방사선 치료를 받는 경우는 방사선 조사 부위가 입안과 목 부위입니다. 따라서 방사선 치료를 시작하여 2~3주가 지나면 입안이 점점 헐고, 목의 피부가 검게 그을리는 방사선피부염 등이 발생하게 됩니다. 이러한 증상을 치료하기 위한 특별한 방법은 없으며 입안과 목의 피부가 화끈거리며 동통이 심하기 때문에 국소적 또는 전신적 진통제를 복용하거나 차가운 얼음으로 입안이나 목 부위를 마사지하여 증상을 감소시킬 수 있습니다. 이러한 점막염이나 피부염 등은 방사선 치료 종료 후 1달 정도 지나면 대부분 소실됩니다.
그 외에 방사선 치료 후 시간이 지나도 만성적으로 생기는 후유증이 있습니다. 침샘이 방사선에 노출되면 침샘의 섬유화, 침샘세포의 괴사나 위축이 일어나 침분비 양이 감소되며 입안이 마르는 구강건조증이 생기게 됩니다. 타액 감소와 함께 구강내 세균도 우식증을 잘 유발하는 세균들로 바뀌어 충치도 잘생기게 됩니다. 또한 드물게 턱뼈의 혈관이 감소되어 외상이 가해졌을 때 골조직이 치유되지 않아 누공을 형성한다든지 심한 동통을 유발할 수가 있습니다. 따라서 앞에서도 언급하였듯이 방사선 치료 전에 발치할 치아들은 반드시 미리 발치하는 것이 이러한 합병증을 줄일 수 있는 방법입니다.